Фамилия Исанины (в мужском роде — Исанин) образована от имени Исаня. Это народная, обиходная форма крестильного имени Исайя, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка. В переводе имя Исайя означает «спасение Господне»: так звали одного из библейских пророков, предсказавшего рождение Христа.

Имя Исаня — результат усечения и добавления типичного для русской бытовой речи суффикса -ан(я). Такие формы (Гаврила — Гавриланя, Данила — Даниланя, Исай — Исаня) были широко распространены в повседневном общении вплоть до XVII–XVIII веков, особенно в крестьянской и посадской среде. Фамилия, закрепившаяся за потомками, образовалась по стандартной модели: к основе Исан- добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Исани»).

Суффикс -ин в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев, и характерен для основ, оканчивающихся на -а или -я. Исанины — яркий пример такой модели. Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где была сильна традиция бытовых уменьшительных имён, но точное место её возникновения сейчас установить трудно — процесс становления фамилий занял несколько столетий и шёл неравномерно.

Однокоренные фамилии — Исаев, Исаков, Исайкин — образованы от тех же корней, но по другим словообразовательным схемам. Исанины стоят особняком: их фамилия сохранила не просто имя, а его живую, разговорную форму, которую в документах фиксировали реже, чем полное церковное. Поэтому она — не просто генеалогический маркер, а памятник народной языковой культуре, где библейское имя обросло русскими окончаниями и бытовым звучанием.