Фамилия Исанин — это типичный пример русской «полуотчества» на -ин, которая образовалась напрямую от личного имени или прозвища Исаня. В основе лежит народная, обиходная форма крестильного имени Исайя. Само имя Исайя пришло на Русь с христианством из древнееврейского языка, где означает «спасение Господне». Однако в быту, в крестьянской и мещанской среде, полные церковные звучания часто сокращались, чтобы имя было удобнее произносить. Так и появилось Исаня — ласкательный или просторечный вариант имени Исай.

Фамилия по своей модели отвечает на вопрос «чей?»: Исанин — то есть сын Исани, потомок человека, которого в миру звали Исаня. Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность к отцу, что характерно для фамилий, образованных от основ на -а или -я. В этом смысле Исанин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Фомин, Никитин, Савин.

Примечательно, что имя Исайя в русской традиции не было редким, но и не входило в десятку самых популярных. Поэтому фамилия Исанин встречается не повсеместно, а скорее локально. Она могла закрепиться в тех регионах, где имя Исайя (в форме Исаня) было в ходу среди крестьян и посадских людей. В документах XVIII–XIX веков встречаются записи крестьян Исаниных, например, в бывших владениях Соловецкого монастыря и на Русском Севере, что косвенно подтверждает северное или поморское происхождение части носителей.

Иногда фамилию пытаются связать с тюркскими корнями (например, от «исан» — человек), но это маловероятно. Славянская словообразовательная модель с уменьшительным суффиксом -ан- (Ис-ан-я) и типичным русским окончанием -ин говорит в пользу исконно русского, православного происхождения. Таким образом, предок современных Исаниных почти наверняка был русским крестьянином или ремесленником, которого в быту звали Исаня — в честь библейского пророка Исайи.