Фамилия Исанина образована по самой распространённой в русском языке модели — от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — Исанин. Основа здесь — Исана, и это не календарное имя, а, скорее всего, разговорная или диалектная форма.

Корень фамилии восходит к крестильному имени Исай (Исаия), что в переводе с древнееврейского означает «спасение Господне». В быту имя Исай часто сокращали или переделывали на русский лад: Исаня, Исана. Суффикс -ан- в таких формах — характерная черта северных и сибирских говоров, где имена нередко получали «увеличительное» или просторечное оформление: Исаня, Васяня, Петряня. Соответственно, Исана — это уменьшительно-обиходная форма имени Исай, а Исанин — сын Исаны, то есть потомок человека, которого в семье или в деревне называли Исаней.

Географически фамилия Исанина — редкая и локализованная. Наибольшее число носителей встречается в Архангельской области и на севере Вологодчины, что подтверждает связь с северным диалектным словообразованием. Встречается она и в Забайкалье, куда фамилия могла попасть с переселенцами из Поморья. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни семьи произносят Иса́нина, другие — Исанина́, но по правилам русской грамматики фамилии на -ин обычно сохраняют ударение исходного имени (Иса́на — Иса́нин).

С точки зрения социальной истории, фамилия Исанина в её мужском варианте (Исанин) могла принадлежать крестьянам или посадским людям — в дворянской среде такие «простые» отчества на -ин встречались редко. Женская форма Исанина, закрепившаяся как наследственная фамилия, — явление более позднее, связанное с фиксацией фамилий у женщин в советское время. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении или малой численности рода.

В итоге: фамилия Исанина — это указание на прямого предка по мужской линии, которого звали Исана (Исаня), то есть Исай. Она несёт в себе примету северорусского говора и редкой модели имяобразования.