Фамилия Исайкова — женская форма от Исайков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он хранит ключ к происхождению. Основа — Исайко, а это уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Исайя (Исайа). В русском обиходе имя Исайя, пришедшее из древнееврейского (йеша‘йаху — «спасение Господне»), быстро обрастало народными вариантами: Исай, Исайко, Исайка. Суффикс -ко в XVI–XVII веках был типичен для украинских, белорусских и южнорусских говоров, где он обозначал не столько уменьшительность, сколько принадлежность к младшему поколению или просто бытовое именование. Так что Исайко — это, скорее всего, «маленький Исай» или «сын Исая».

Модель образования фамилии проста: отчество на -ов, закреплённое за потомками. Исайков — буквально «чей?» — сын Исайка. В русской традиции фамилии на -ов/-ев массово формировались у крестьян и мещан после отмены крепостного права в 1861 году, когда потребовалось учесть всё население. Но Исайковы могли появиться и раньше — в среде казачества или служилых людей, где отчества фиксировали раньше и охотнее.

Географически фамилия Исайкова (и Исайков) тяготеет к регионам, где имя Исайя было в ходу: юг России, Поволжье, отчасти Сибирь. В старых переписных книгах встречаются Исайки — крестьяне, стрельцы, бобыли. Например, в документах XVII века по Курскому краю упоминается Исайка Фёдоров, что подтверждает бытование имени в простонародье. Спорных версий у фамилии практически нет: корень прозрачен, суффикс типичен. Редкость составляет разве что ударение — в некоторых говорах фамилию произносят с ударением на второй слог (Иса́йкова), хотя нормативно ставить его на третий (Исайко́ва), следуя за интонацией исходного имени Иса́йя.

Социальный контекст тоже не загадка: носители фамилии — потомки крестьян или посадских людей, реже — духовенства (имя Исайя библейское, но в поповской среде его давали не чаще, чем в крестьянской). Дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах нет — она осталась в низовых слоях, что не умаляет её истории. В XX веке фамилия почти не меняла формы, и сегодня Исайкова встречается как в России, так и в странах бывшего СССР, особенно на Украине и в Беларуси, где суффикс -ко до сих пор жив в фамилиях.