Фамилия Исайков образована от крестильного имени Исай — просторечной формы библейского имени Исайя. В русской традиции так называли в честь ветхозаветного пророка Исайи, чьё имя с иврита переводится как «спасение Господне». Имена Исай и Исайя в святцах были распространены в среде духовенства и крестьянства, поэтому фамилия встречается не только у потомков священников, но и у людей из самых разных сословий.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Буква «к» в основе (Исайк-) — результат народного сокращения имени: Исай → Исайка. Такие уменьшительные формы (Исайка, Исайко) в XV–XVII веках были повседневными, не обязательно ласкательными, и часто фиксировались в документах как прозвища или полуимена. От них и пошла фамилия: «чей?» — Исайков, то есть сын или потомок Исайки.

Любопытная деталь: фамилия Исайков могла возникнуть самостоятельно в разных регионах, и её носители не обязательно являются родственниками. В писцовых книгах и ревизских сказках встречаются крестьяне Исайковы на Смоленщине, в Тверской губернии и на юге России. В некоторых говорах имя Исай произносили как Исайка, что усиливало «к» в основе фамилии. Редкий вариант — Исайкин — образован от той же основы, но с другим суффиксом.

Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что говорит о её преимущественно крестьянском происхождении. Однако в XX веке встречаются Исайковы — учёные, врачи, военные, что подтверждает: фамилия не теряла распространения и не имела сословных барьеров. В целом Исайков — прозрачная по происхождению, но не шаблонная фамилия, в основе которой лежит древнее имя с глубокой библейской историей.