Фамилия Исайкины — типичный пример русского «патронима», то есть фамилии, образованной от личного имени. Корень здесь — мужское имя Исайя (церковная форма, от древнееврейского йеша‘ягу — «спасение Господне»). В быту имя чаще звучало как Исай или Исайка.

В основе фамилии лежит суффикс -ин (а не -ов), что указывает на древнюю модель: «чей сын?» — «Исайкин». Это буквально означает «сын Исайки», где Исайка — разговорная форма имени Исайя. Такие фамилии на -ин обычно возникали в северных и центральных землях Руси, где форма притяжательного прилагательного на -ин была обычной для имён, оканчивающихся на -а/-я.

В русских писцовых книгах XVI–XVII веков нередко встречаются записи вроде «Исайка Кузмин сын» или «крестьянин Исайка Фёдоров». Если такой человек становился главой семьи, его детей и внуков начинали звать «Исайкины дети» или просто «Исайкины». Со временем прозвище закрепилось как наследственная фамилия.

Интересный момент: в отличие от фамилий на -ов (Исайков, Исаев), форма Исайкин встречается реже и имеет более конкретную семейную привязку. Она не просто указывает на отдалённого предка по имени Исай, а подчёркивает, что основателем рода был конкретный человек по прозвищу Исайка — возможно, невысокий или молодой носитель имени.

Точное место возникновения фамилии Исайкины установить сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и посадских людей растянулся на несколько столетий. Однако можно уверенно сказать, что фамилия эта — не искусственная, а живая, «уличная», возникшая в крестьянской или ремесленной среде, где именование по отцу было естественным способом идентификации.