Фамилия Исайко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -ко, которая в XVI–XVII веках активно вытесняла более громоздкие патронимы. Такие фамилии буквально означали «маленький» или «сын»: Исайко — это «сын Исая». В основе лежит разговорная форма Исай от полного канонического имени Исайя. С древнееврейского имя переводится как «спасение Господне», и его носитель — библейский пророк Исайя, автор одноимённой книги Ветхого Завета.

Суффикс -ко в украинской ономастике — один из самых продуктивных. Он не только указывал на родство, но и мог выполнять уменьшительно-ласкательную функцию, поэтому изначально Исайко было скорее обиходным именованием младшего члена семьи. Позже это прозвище закрепилось как наследственная фамилия, и сейчас её носители встречаются не только на Украине, но и в южных регионах России, куда фамилия попала вместе с переселенцами.

В отличие, скажем, от фамилии Исаев (с русским суффиксом -ев), Исайко сохранила украинскую огласовку и окончание. Если Исаев — это «чей?» (притяжательная форма), то Исайко — более личное, почти «Исайчик», что выдаёт бытовую, семейную среду возникновения.

День памяти пророка Исайи в православной традиции — 9 мая (по старому стилю — 22 мая), в католической — 6 июля. Но вряд ли стоит искать прямую связь фамилии с религиозным почитанием: имя было распространённым, а фамилия возникла естественным путём, как способ отличить одного Исая от другого в селе или городской общине.