Фамилия Ишканов — один из тех случаев, когда происхождение лежит на поверхности, но требует географической и языковой оговорки. Основа фамилии — личное имя Ишкан, а оно, в свою очередь, восходит к тюркскому корню «иш» — «товарищ, друг, соратник». Уменьшительный суффикс -кан (распространённый в татарском, башкирском, казахском и других тюркских языках) придаёт имени ласкательный или «младший» оттенок: Ишкан буквально значит «дружок», «товарищ». Имя известно в ономастиконе поволжских татар и башкир, хотя встречается нечасто.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ишкан прибавлен суффикс -ов. Это типичная «притяжательная» форма, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть сын, потомок Ишкана. С точки зрения словообразования здесь нет ничего необычного: фамилии на -ов/-ев доминируют в русском ономастиконе, и тюркские имена «обрусевали» именно через этот суффикс, когда носители переходили в православие или просто попадали в русскую документную среду.

Географически Ишкановы тяготеют к регионам с давним татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также к местам миграций в Сибирь и на Урал. По переписям и телефонным справочникам фамилия редкая, не входит даже в первую тысячу по частотности. Это косвенно указывает на локальное бытование — вероятно, она закрепилась в одном-двух селениях и не получила широкого распространения.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная, но возможная: связь с диалектным словом «ишкан» — так в некоторых говорах называли мелкую рыбу вроде ерша или пескаря. Если прозвище Ишкан дали рыбаку или человеку с «рыбьей» внешностью (вертлявый, юркий), то фамилия приобретает промысловый оттенок. Однако эта гипотеза слабее: слова «ишкан» в значении «рыба» нет в авторитетных диалектных словарях, а имя Ишкан фиксируется в тюркской антропонимии вполне уверенно.

Таким образом, основная линия происхождения — от тюркского имени со значением «друг, товарищ». Предок носителя фамилии, скорее всего, был татарином или башкиром, носившим личное имя Ишкан, и фамилия закрепилась за его потомками при оформлении документов в XIX веке.