Фамилия Ишкинин ведет начало от тюркско-татарского имени Ишкиня. В переводе на русский язык оно означает «только ровня, друг, товарищ». Такое имя могли дать ребенку, желая подчеркнуть его дружелюбный нрав или надеясь, что он станет верным товарищем.

Словообразовательная модель фамилии проста — к основе Ишкин- добавлен русский патронимический суффикс -ин, типичный для фамилий, образованных от имен или прозвищ на -а/-я. Буква «я» в исходном имени Ишкиня перешла в «и» по правилам русской грамматики: «чей?» — Ишкинин, то есть «сын Ишкини».

Фамилия встречается в регионах с исторически сильным тюркским влиянием — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Носители фамилии, скорее всего, потомки крещеных татар или башкир, принявших православие: фамилии на -ин у тюркских народов часто появлялись именно при переходе в другую веру и смене сословного статуса.

Интересная деталь: в некоторых говорах фамилию могли произносить с ударением на второй слог — Ишки́нин, хотя литературная норма допускает ударение на первый. Это говорит о живой народной традиции, не зафиксированной в словарях.

Однокоренные фамилии — Ишкин, Ишкинский — встречаются реже, но указывают на тот же корень. Встречается и вариант написания через «е» — Ишкенин, хотя он менее распространен и может быть результатом ошибки в документах.