Фамилия Ишков, скорее всего, происходит от имени Ишка — просторечной, сокращённой формы тюркско-татарского имени Ишкиня. В переводе это имя означает «только ровня», «друг» или «товарищ». Называя так сына, родители желали, чтобы он вырос настоящим мужчиной и верным товарищем. Впрочем, возможна и другая версия: Ишка могло быть уменьшительным вариантом крестильного имени Исаак (в народной форме Исак), где замена «с» на «ш» — обычное дело в русских говорах. Тогда фамилия Ишков входит в обширный ряд «Исаков — Исаковский — Ишков».

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который присоединяли к основе имени отца: «чей сын? — Ишков», то есть сын Ишки. По модели образования фамилия ничем не примечательна — такие же суффиксы у тысяч русских фамилий. Интереснее основа: если Ишка — это тюркское имя, то фамилия указывает на смешанные русско-татарские корни предка, что не редкость для Поволжья и южнорусских земель. Если же Ишка — вариант Исака, то предок был православным, а фамилия просто отражает местное произношение.

Географически Ишковы встречаются в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской областях и в Татарстане. Встречаемость фамилии — ниже средней, она не входит даже в первую тысячу самых частых русских фамилий. Известных исторических личностей с такой фамилией нет, поэтому судить о социальном статусе предков сложно. Скорее всего, это были крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени отца при переписях XVII—XIX веков.