Фамилия Ишкова — женская форма распространённой русской фамилии Ишков, которая ведёт начало от мужского личного имени или прозвища Ишка. В основе, скорее всего, лежит просторечная форма тюркско-татарского имени Ишкиня. В переводе с тюркского оно означает «только ровня», «друг», «товарищ». Называя сына Ишкой, родители желали ему стать настоящим мужчиной и верным товарищем, закладывая в имя пожелание крепкой дружбы и равенства в отношениях.

По словообразовательной модели фамилия Ишкова типична для русской ономастики: суффикс -ов (-ев) присоединялся к основе имени или прозвища отца, указывая на принадлежность («чей?»). Таким образом, Ишковы — это потомки человека по имени Ишка.

Суффикс -к- в основе нередко встречается в уменьшительно-ласкательных формах крестильных имён (например, Ивашка от Иван). Однако в случае с Ишкой мы имеем дело не с каноническим православным именем, а с заимствованным из тюркской среды. Это указывает на возможные контакты предков рода с татарской или башкирской культурой, что было обычным явлением в Поволжье, на Урале и в южнорусских степях.

Процесс закрепления фамилий в разных сословиях шёл неравномерно. Окончательно утверждать точное время появления рода Ишковых можно лишь на основании генеалогических изысканий в конкретной местности. Однако, учитывая модель образования, можно предположить, что фамилия оформилась не позднее XVII–XVIII веков, когда основная масса русских фамилий на -ов/-ев уже сложилась.