Фамилия Ишкинина — женская форма мужской фамилии Ишкинин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Чтобы понять корень, отбросим суффикс -ин и получим основу «Ишкин». Она, в свою очередь, восходит к прозвищу или личному имени Ишка.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «иш» означает «товарищ», «друг», «помощник», «пара» (например, «иш кеше» — напарник). Уменьшительно-ласкательная форма Ишка (с характерным для тюркских языков аффиксом -ка/-кә) дала прозвище, которое закрепилось за человеком как имя в быту. Соответственно, Ишкин — буквально «сын Ишки» или «принадлежащий Ишке», а Ишкинина — «дочь/жена Ишкина».

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с мордовскими (эрзянскими или мокшанскими) корнями. В финно-угорских языках Поволжья встречаются личные имена с основой «ишкя» или «ишка», которые могли означать «маленький» или быть сокращением от полных имён. Однако тюркская версия выглядит убедительнее из-за широкой географии фамилии: Ишкинины чаще всего встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — регионах с давним тюркским населением.

С точки зрения социального контекста, фамилия Ишкинин (и её женская форма) относится к числу «патронимических» — то есть указывающих на отца или главу семьи. Такие фамилии в XIX веке активно закреплялись за крестьянами и мещанами при переписях, поэтому предки носителей фамилии с высокой вероятностью были свободными земледельцами или ремесленниками, а не дворянами. Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: ИшкИнина, но в некоторых диалектах возможно смещение на первый.