Фамилия Иткинина — редкий случай, когда женская форма окончательно вытеснила мужскую. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Иткин → Иткина, но Иткинина — это уже вторая ступень. Здесь исходная основа не Итка, а Иткин, и фамилия Иткинина буквально значит «жена Иткина» или «из рода Иткиных». Такая модель (мужская фамилия + -ин + -а) характерна для регионов, где фамилии долго не закреплялись за родом, а менялись по поколениям: сын Ивана — Иванов, его жена — Иванова, но если муж уже носил фамилию Иткин, то жену могли записать как Иткинина, особенно в XIX веке в крестьянской среде Центральной России и Поволжья.

Корень фамилии — личное имя Итка. Это уменьшительная форма от Итя (Итья), что в свою очередь восходит к каноническому имени Иоанн (Иван) через народные варианты. В ономастике известен ряд: Иван → Итя → Итка. Суффикс -к- в древнерусских именах был не пренебрежительным, а ласкательным или обиходным. Однако есть и вторая версия: Итка могло быть прозвищем от глагола «ить» (бить, колотить) — так могли назвать драчливого или резкого человека. В словаре Веселовского «Ономастикон» встречается фамилия Иткин, и её связывают именно с прозвищным происхождением, но имя Итка фиксируется в писцовых книгах XVI века, что говорит о двойной природе основы.

Географически фамилия Иткина (а Иткинина — её производная) распространена в Поволжье, особенно в Нижегородской и Костромской областях, а также среди старообрядцев. Встречается она и у татар-мишарей, где Ит — «собака» на тюркских языках, но для фамилии Иткинина это маловероятно: суффикс -ин чисто русский, и если бы корень был тюркским, фамилия звучала бы как Иткин (без наращения), а не Иткинин. Так что русское происхождение от имени Итка — основная и наиболее обоснованная версия.

Сословно носители фамилии относились к крестьянам и мещанам. Дворянской ветви Иткининых не зафиксировано. В документах XIX века форма Иткинина встречается чаще всего в метрических книгах как указание на замужнюю женщину, что и объясняет её закрепление: после отмены крепостного права многие крестьянские семьи записывали фамилии по отцу или мужу, и женский вариант иногда становился основным для всего рода, если запись делали со слов вдовы или при неграмотности писаря.