Фамилия Ишмедов — редкий пример, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом, но не по самой распространённой модели. Если бы фамилию образовали от имени Ишмед по схеме «чей сын?» — Ишмедов, то есть «сын Ишмеда». Однако в тюркских языках имя Ишмед не встречается как самостоятельное, что заставляет искать другое объяснение.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «ишмед» — форма глагола со значением «не пей» (от «ичмек» — пить). В татарской, башкирской или казахской среде так могли прозвать человека, который по каким-то причинам не употреблял алкоголь или был известен своим отказом от питья. Прозвище Ишмед (или Ишмет) давали либо по обету, либо в насмешку, а затем оно перешло в фамилию. Подобные «запретительные» прозвища встречаются у тюркских народов: например, фамилии Бирманов (от «бирман» — не дай) или Тукмаков (от «тукма» — не трогай).

Менее вероятная, но возможная версия — искажённое арабское имя Ишмат (защита, сохранность) с переходом «т» в «д» в русской записи. Тогда Ишмедов — вариант фамилии Ишматов, которая встречается у татар и башкир. Однако в этом случае ожидалась бы форма Ишматов, а не Ишмедов, поэтому версия с прозвищем убедительнее.

Суффикс -ов указывает на адаптацию фамилии в русской среде. Носители фамилии Ишмедов — почти наверняка потомки тюркского населения (татары, башкиры, казахи), жившие в смешанных регионах, где прозвище записали в официальных документах по русской модели. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, но точных статистических данных по распространению нет.

Социально предки Ишмедовых могли быть крестьянами или мещанами, поскольку прозвищные фамилии в тюркской среде чаще всего возникали в простонародье, а не у знати. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.