Фамилия Ишмуков — один из тех случаев, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское или арабо-тюркское составное имя. Разбирать её стоит именно с корня «Ишмук», который образован по той же модели, что и многие фамилии у башкир, татар, чувашей и других народов Поволжья и Урала.

Имя Ишмук — это сокращённая форма от более полного Ишмухаммет или Ишмулла. Первая часть «иш» в тюркских языках означает «друг», «товарищ», «спутник». Вторая часть — это либо имя пророка Мухаммеда, либо «мулла» (духовное лицо), либо «мухаммет» (восхваляемый). Таким образом, исходное имя Ишмухаммет буквально переводится как «друг Мухаммеда» или «спутник пророка». В быту длинное имя сокращали до удобного Ишмук — так же, как, например, Нигматулла становился Нигматуком или Нигмаком.

Русский суффикс -ов присоединился к основе Ишмук, когда фамилию оформляли по русской модели приписывания к фамильному списку. Это типично для XIX века, когда крещёные или просто учтённые в переписях нерусские крестьяне и мещане получали фамилии через добавление -ов/-ев к отцовскому имени. Поэтому Ишмуков — это буквально «сын Ишмука». Встречается фамилия и в форме Ишмуков, и изредка — Ишмуковский, где суффикс -ский указывает на более позднее, возможно, дворянское или семинарское происхождение, но основная масса носителей — из крестьянских и мещанских родов.

Географически фамилия сосредоточена в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и у чувашей, но реже, поскольку у чувашей чаще использовалась модель с суффиксом -ин (Ишмукин). Если ваш предок Ишмуков, то с высокой вероятностью он был татарином, башкиром или мишарём из южных уральских или приуральских губерний. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носителей несколько тысяч, и она хорошо сохранила прямую связь с исходным личным именем.