Фамилия Ишмукова образована от краткой, диалектной формы мужского тюркского имени Ишмухаммет — Ишмук. Полное имя Ишмухаммет переводится на русский язык как «ровня пророку Мухаммету» или «друг пророка Мухаммета». Такие имена были распространены в тюрко-татарской среде и отражали глубокое религиозное почитание исламского пророка.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Ишмук присоединён русский патронимический суффикс -ов, который в женском роде принимает форму -ова. То есть Ишмукова — это буквально «дочь (или жена) Ишмука». По такой же схеме в Поволжье и на Урале образованы многие фамилии от тюркских имён: Ишбулатов, Ишмуратов, Иштуганов.

Интересно, что в самом имени Ишмухаммет первая часть «иш» восходит к тюркскому слову со значением «пара», «ровня», «друг». В сочетании с именем пророка это давало высокий религиозный смысл — называя сына Ишмухамметом, родители как бы ставили его в один ряд с почитаемой фигурой ислама. Со временем сложное имя в бытовой речи сократили до Ишмук, а от этой формы пошла фамилия.

Процесс закрепления фамилий у тюркских народов России растянулся на несколько столетий и завершился в основном к концу XIX века. Поэтому точное место и время возникновения рода Ишмуковых можно установить только по генеалогическим документам — метрическим книгам, ревизским сказкам или переписям. Однако можно с уверенностью сказать, что предки современных носительниц фамилии Ишмукова жили в регионах с преобладанием татарского или башкирского населения.