Фамилия Исипов происходит от имени Исип — одной из народных форм канонического имени Иосиф. В переводе с древнееврейского Иосиф означает «приумноженный Богом», то есть «Бог приумножит» или «да прибавит Господь». В русской среде имя Иосиф давало множество обиходных вариантов: Осип, Есип, Исип, Юзик и другие. Именно от формы Исип с помощью простого и самого распространённого патронимического суффикса -ов и образовалась фамилия Исипов, то есть буквально «сын Исипа».

Такая словообразовательная модель типична для центральной и северной России, где преобладали фамилии на -ов/-ев. Важно, что Исипов — не единственная фамилия, возникшая от этого имени. Однокоренные варианты — Осипов, Есипов, Иосифов — отличаются только той народной формой, которая легла в основу. Если Осипов встречается повсеместно и входит в число самых частых русских фамилий, то Исипов заметно реже. Это может указывать на более узкий регион бытования исходной формы Исип или на то, что фамилия закрепилась в конкретной местности и не получила широкого распространения за её пределами.

В ономастике подобные редкие варианты часто оказываются ценным маркером: по фамилии Исипов можно попытаться восстановить, где именно в XIX веке имя Исип было в ходу у крестьян или мещан, а где предпочли форму Осип. Имя Иосиф, включая его производные, было одним из самых популярных в православной среде благодаря библейскому персонажу, поэтому и фамилий от него образовалось много. Но именно Исипов сохранила в себе ту самую живую, разговорную форму, которая почти исчезла из употребления вместе с носителями имени. Таким образом, носитель фамилии Исипов — потомок человека, которого в быту звали Исип, а не Осип, что и закрепилось в родовом прозвании.