Фамилия Искалеев образована по тюркской модели с суффиксом -ев, который в русской среде закрепился за фамилиями нерусского происхождения. Основа — мужское имя Искалей, распространённое у башкир, татар и других народов Поволжья и Приуралья. Имя Искалей — сложное: первая часть «ис» восходит к арабскому «исм» (имя, человек) или к тюркскому «ис» (след, запах, память), а вторая — «калей» от «кал» (оставайся, живи). В буквальном прочтении имя могло означать «пусть останется в памяти» или «живи, человек».

Словообразовательный суффикс -ев (вместо более ожидаемого -ов) указывает, что фамилия закрепилась в письменных документах уже после XV–XVI веков, когда русские писцы адаптировали тюркские имена по правилам московской приказной традиции. Встречается фамилия преимущественно в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — регионах, где исторически жили башкиры и татары, переходившие на оседлый образ жизни и получавшие фамилии по имени отца.

Спорных версий у Искалеева немного. Иногда основу связывают с тюркским «искале» (калека, увечный), но это народная этимология: звуковое совпадение случайно, так как имя Искалей записано в метриках задолго до того, как в русский язык вошло слово «искалечить». Правдоподобнее версия с арабско-тюркским именем: у башкир, например, имя Искалей (вариант Искали) фиксируется в шежере (родословных) XVIII века.

Социально предки носителей фамилии — скорее всего, рядовые общинники-скотоводы или земледельцы, не принадлежавшие к княжеским или мурзинским родам. Фамилия не получила дворянского статуса и не попала в «Бархатную книгу», поэтому её носители — потомки ясачных людей или тептярей (сословие нерусских крестьян в Приуралье). В современной России фамилия редкая, но не исчезающая — её по-прежнему носят в тех же краях, где когда-то жил человек по имени Искалей.