Фамилия Исканьяров происходит от личного имени Исканьяр — татарской и башкирской формы имени Искандер (Эскандер), которая, в свою очередь, восходит к древнегреческому Александр. Значение имени — «победитель» или «одерживающий победу». Связь с Александром Македонским здесь не просто этимологическая: в восточной традиции великий полководец известен как Искандер Зулькарнайн, то есть «Двурогий». Прозвище связано с изображением на древнегреческих монетах, где Александр предстаёт с рогами бога Амона, — отсюда и пошёл этот устойчивый эпитет.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Исканьяра». В татарской и башкирской среде такие патронимические фамилии закрепились в XIX–XX веках, когда мусульманские имена начали оформлять по общероссийскому стандарту. Встречается вариант Искандеров, но Исканьяров — более редкая форма, сохранившая местное произношение имени. Сословно носители фамилии могли быть и крестьянами, и купцами, и служилыми людьми — имя Искандер было популярно у разных слоёв населения Поволжья и Приуралья.