Фамилия Исхаковы (в мужском роде — Исхаков) строится по классической русской патронимической модели: к основе — имени Исхак — добавили русский патронимический суффикс -ов. Это значит, что буквально фамилия отвечала на вопрос «чей?» и означала «сын Исхака».

Само имя Исхак — арабская и тюркская форма библейского Исаака. В буквальном переводе с древнееврейского оно означает «тот, который будет смеяться». В исламской традиции Исхак — сын пророка Ибрахима (Авраама) и Сары, один из пророков, упомянутых в Коране в числе «достойных». Согласно преданию, Сара долго оставалась бесплодной, и рождение сына в девяностолетнем возрасте стало чудом, предсказанным ангелами.

Фамилия Исхаков — одна из тех, что прочно вошли в русский именослов из тюркской среды. Её корни уходят в XV–XVII века, в эпоху активных контактов Руси с выходцами из Золотой Орды, Казанского и Крымского ханств. Многие служилые татары, башкиры и представители других тюркских народов, принимая православие или поступая на русскую службу, сохраняли свои родовые имена, которые затем оформлялись русскими фамильными суффиксами. Поэтому Исхаковы — не «переделанная» фамилия, а прямой памятник этому культурному и социальному слою.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Исхаковы несут память о мусульманском, а точнее — тюрко-исламском именослове. Нарекая сына Исхаком, родители желали ему религиозной добродетели и следования примеру пророка. Среди известных носителей фамилии — Камиль Шамильевич Исхаков (род. 1949), российский политический деятель, что подтверждает её бытование в современной общественной жизни.

Географически фамилия Исхаковы чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах Поволжья и Урала, где исторически сильны татарские и башкирские общины. Встречается она и у представителей других тюркских народов — казахов, узбеков, ногайцев. При этом написание и ударение могут различаться в зависимости от местной традиции, но основа — имя Исхак — остаётся неизменной.