Фамилия Исхаков образована от мужского имени Исхак. В буквальном переводе с арабского оно означает «тот, который будет смеяться». Имя Исхак носил сын пророка Ибрахима, причисляемый в Коране к «пророкам из достойных». Согласно преданию, супруга Ибрахима, Сара, долго была бесплодной, но ангелы предрекли ей рождение сына, когда ей было уже девяносто лет. Исхак впоследствии сам стал пророком, жил в Палестине, и от него, по преданию, произошли все еврейские пророки, включая Мусу и Ису. Нарекая ребенка именем пророка, родители желали ему стать достойным мусульманином — в традиционном обществе религиозный смысл имени имел первостепенное значение.

У имени Исхак есть множество параллельных форм в разных языках: у русских — Исаак, у англичан — Айзак, Айзек, у немцев — Исаак, у итальянцев — Изакко. Фамилия Исхаков — типичная патронимическая модель на -ов, то есть «сын Исхака». Такая модель широко распространена у татар, башкир и других тюркских народов России, где исламские имена стали основой для множества фамилий.

Документы середины XX века фиксируют Исхаковых в разных уголках страны: Исхаков Таки Хуснимарданович (1910 г. р., Башкирская АССР, село Бачкитау), Исхаков Фазлиахмет (1868 г. р., татарин, село Амикеево Чистопольской области), Исхаков Рахматулла (1873 г. р., село Н-Атьялово Тюменской области). Эти записи показывают, что фамилия была распространена в среде татарского и башкирского крестьянства Поволжья и Западной Сибири. Среди известных носителей — политический деятель России Камиль Шамильевич Исхаков (р. 1949).