Фамилия Исхакова образована от мужского имени Исхак, которое восходит к арабской и еврейской традиции. В буквальном переводе оно означает «тот, который будет смеяться». У этого имени много аналогов в разных языках: у русских — Исаак, у англичан — Айзак или Айзек, у немцев — Исаак, у итальянцев — Изакко. В Коране Исхак — сын пророка Ибрахима, причисляемый к «пророкам из достойных». Согласно преданию, супруга Ибрахима, Сара, долго была бесплодной, но ангелы, которых радушно принял Ибрахим, предрекли ему рождение сына. Когда Саре исполнилось девяносто лет, Аллах даровал ей сына, который впоследствии стал пророком. Исхак жил в Палестине, и от него, по преданию, произошли евреи и все еврейские пророки, включая Мусу и Ису.

Нарекая ребенка именем пророка, родители желали своему сыну стать достойным мусульманином — в традиционном обществе религиозный подтекст имени имел огромное значение. Фамилия Исхакова — типичная патронимическая модель, где суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на принадлежность к роду: буквально «дочь Исхака». Такая модель образования фамилий особенно характерна для татарской, башкирской и других тюрко-мусульманских культур, где имя отца становилось основой родового прозвания. Поэтому фамилия Исхакова распространена в первую очередь среди народов Поволжья и Урала, а также в среде кавказских мусульман.

Среди известных однофамильцев — Камиль Шамильевич Исхаков (род. 1949), российский политический деятель, работавший полномочным представителем президента в Дальневосточном федеральном округе. Процесс формирования фамилий был длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения конкретной ветви рода Исхаковых можно лишь на основании генеалогических исследований.