Фамилия Исматлов — одна из тех, где ясна основа, но неочевиден способ образования. В ней отчетливо слышен тюркский корень «исмат», который восходит к арабскому слову «исма» (عصمة) — «безгрешность», «непорочность», «защита от греха». В исламской традиции это понятие связано с пророческой непогрешимостью, а в бытовом употреблении могло стать личным именем Исмат (встречается у многих тюркских народов). Казалось бы, перед нами типичная патронимическая модель: к имени Исмат добавили русский суффикс -ов, и получилась фамилия «сын Исмата». Но именно здесь кроется нестыковка.

В классической русской модели фамилии от тюркских имен на согласный образуются через -ов: Исмат → Исматов. Вариант Исматлов — редкость. Суффикс -л- в середине слова наводит на мысль о другой основе. Скорее всего, фамилия произошла не напрямую от имени Исмат, а от прозвища или имени Исматлы, где -лы — тюркский аффикс обладания, означающий «имеющий исмат», то есть «обладающий непорочностью» или «наделенный защитой». Тогда Исматлов — это русифицированная форма от Исматлы: отбросили окончание -ы и добавили русский суффикс -ов. Такая модель встречается у фамилий кавказских и поволжских тюрков, например, Ахматлов, Каматлов.

Географически фамилия Исматлов тяготеет к регионам с компактным проживанием татар, башкир и народов Северного Кавказа, особенно Дагестана. В метрических книгах XIX века единичные записи встречаются в Оренбургской и Уфимской губерниях, а также в Закавказье. Сословная принадлежность носителей — чаще крестьяне или мещане, но имя Исмат как мусульманское давалось в семьях разного достатка.

Если принять версию с основой Исматлы, то предок носителя фамилии мог получить прозвище за свою набожность, чистоту помыслов или за то, что его считали «непорочным» — возможно, в религиозной общине. Впрочем, не исключено, что фамилия — результат канцелярской ошибки при переписи, когда писарь на слух записал Исматлов вместо Исматов, и вариант закрепился. Из-за редкости фамилии однозначно определить единственный путь ее возникновения сложно, но словообразовательная аномалия с суффиксом -л- делает версию с тюркским аффиксом -лы наиболее правдоподобной.