Фамилия Иустин — редкий случай в русском ономастиконе. Она образована не от крестильного имени, а напрямую от церковнославянской формы этого имени — Иустин, что значит «справедливый» (от латинского justus). В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые произошли от прозвищ или уменьшительных форм (Иустинов, Иустинкин), фамилия Иустин стоит в чистой, несклоняемой форме именительного падежа. Это сразу выдает её позднее происхождение и книжный, а не народный путь возникновения.

Скорее всего, фамилия Иустин — искусственная, семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков существовала практика давать будущим священникам и их детям фамилии по именам святых, по церковным праздникам или по красивым латинским/греческим корням. Ученик, которого в миру звали, допустим, Иваном или Петром, мог получить фамилию Иустин в честь святого Иустина Философа или Иустина Римского. Такая фамилия не привязывалась к ремеслу или прозвищу предка — она была призвана подчеркнуть принадлежность к духовному сословию.

Версия, что фамилия могла возникнуть как отчество от имени Иустин (то есть «сын Иустина»), маловероятна. В этом случае в русской традиции она получила бы суффикс -ов или -ин: Иустинов или Иустинин. Форма Иустин без патронимического суффикса — это либо украинская или белорусская модель (где фамилии часто совпадают с именем), либо уже упомянутый семинарский «перевод» имени в фамилию. В центральных и северных русских губерниях такое написание почти не встречается; его можно найти скорее в документах духовных консисторий или в списках выпускников семинарий.

Важно не путать фамилию Иустин с фамилией Устин. Устин — это народная, разговорная форма того же имени, от которой пошли массовые фамилии Устинов и Устинкин. Иустин — архаичная, церковная форма, сохранившая начальное «и» и твёрдый звук. Носители фамилии Иустин, как правило, либо потомки священнослужителей, либо люди, чьи предки получили фамилию при переписи населения уже в XIX веке, когда грамотные писари могли записать её именно в таком «учёном» виде — по святцам, а не по говору.