Фамилия Иванисина — это женская форма, а мужская, соответственно, Иванисин. В основе фамилии лежит имя Иван, но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательную или обиходную форму. Если бы фамилия произошла просто от Ивана, она звучала бы как Иванов или Иванин. Здесь же мы видим суффикс -исин, который указывает на форму «Иваниса». Это диалектное или разговорное видоизменение имени, характерное для южнорусских и украинских говоров, где окончание -а в имени могло переходить в -иса: Иван → Иваниса.

Исходное прозвище или нецерковное имя Иваниса когда-то закрепилось за главой семьи. В патронимической системе восточных славян фамилии на -ин образовывались от основ на -а/-я: чей сын? — Иванисин, то есть сын Иванисы. Такая модель типична для центральных и южных областей России, а также для Беларуси и Украины. Суффикс -ис- в данном случае редкий: он встречается у фамилий вроде Денисина (от Денис) или Куприсина (от Куприян), но для имени Иван он говорит о том, что носитель жил в среде, где имя «перекраивали» на местный лад.

Сословно фамилия могла принадлежать крестьянам или мещанам — именно в этих слоях дольше сохранялись живые, нелитературные формы имён. Дворянские фамилии от Ивана чаще оформлялись через -ов (Иванов) или -ский (Ивановский). Иванисина же — фамилия «низовая», бытовая, и её географию стоит искать в Курской, Воронежской, Рязанской областях или на Слобожанщине.

Встречается и вариант с ударением на второй слог — ИванИсина, что может указывать на польское или белорусское влияние (ср. польск. Iwanis). Однако, в отличие от фамилий на -ич или -ский, здесь нет следов шляхетского происхождения. Это просто фиксация того, как в конкретной местности называли человека по отцу: не «Иванов сын», а «Иванисин сын».