Фамилия Иванов-Якушко — составная, двойная. Такие фамилии обычно возникали, когда нужно было уточнить принадлежность к конкретной ветви рода или закрепить за семьей два прозвища сразу. В данном случае соединились две совершенно разные по происхождению основы: одна из самых частых русских фамилий и редкая украинская.

Первая часть, Иванов, восходит к каноническому имени Иоанн (с древнееврейского — «милость Божья», исходная форма — Йоханаан). С XVI по XIX век имя Иван было самым распространённым на Руси: среди крестьянства его носило от 15 до 25% всех мужчин. Отсюда и огромное количество фамилий на -ов. Сама по себе фамилия Иванов ничего не говорит о занятиях предка — только о том, что его отца или основателя рода звали Иваном.

Вторая часть, Якушко, интереснее. Суффикс -ко — верный признак украинского происхождения. В украинской ономастике этот суффикс образует уменьшительные или именные фамилии, и здесь он указывает на то, что прозвище или имя было распространено на территории современной Украины или южнорусских земель.

По поводу происхождения основы «Якуш-» есть две версии, и обе имеют право на существование. Первая: от просторечной формы имени Яков (церковное Иаков, с древнееврейского — «второй по рождению»). На Руси и в Малороссии имя Яков давало множество производных — Якуш, Якушка, Якушко. Так могли называть человека в быту, а затем это прозвище закрепилось за его потомками.

Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «якуш». В некоторых северных и волжских говорах так называли плотника-резчика, который занимался украшением изб и корабельной резьбой. Если предок носителя фамилии был именно таким мастером, прозвище могло перейти в фамилию напрямую, минуя крестильное имя. Эта гипотеза менее популярна, но она объясняет, почему фамилия не пошла по массовому пути «Яковлев» или «Якушев».

Соединение двух фамилий в одну — Иванов-Якушко — скорее всего, произошло в XIX — начале XX века, когда в официальных документах стали фиксировать полные прозвания семей, объединяя ветви или уточняя идентификацию среди множества однофамильцев. Носитель такой фамилии мог происходить из семьи, где один предок звался Иваном, а другой получил прозвище Якушко (по имени или ремеслу).