Фамилия Измалко — редкий случай, когда прозвище или имя-основа не просто потеряли суффикс, а обросли украинским уменьшительным окончанием. Модель образования здесь прозрачная: корень «Измал-» плюс суффикс -к- и окончание -о. Такая конструкция типична для восточнославянских, в первую очередь украинских, фамилий на -ко: Шевченко, Коваленко, Тимошенко. Суффикс -к- в них указывал на принадлежность к роду, а окончание -о закрепилось как маркер фамилии.

Самая прямая версия происхождения — от прозвища Измал, Измалый. В старорусских говорах «измалый» означало «очень маленький», «худой», «тщедушный». Прозвище могли дать невысокому или щуплому человеку. Сравните с фамилией Малко (от «малый»), где тот же корень, но без приставки. Приставка «из-» усиливает значение: не просто малый, а совсем крошечный. Вполне вероятно, что предок носителя фамилии получил это прозвище в детстве или за внешность, а потом оно закрепилось за его потомками.

Менее распространённая, но возможная версия — от имени Измаил. В русской народной традиции это библейское имя (сын Авраама) нередко сокращали до Измал, Измайло. Если так, то Измалко — это «маленький Измаил» или «сын Измаила», то есть патронимическая фамилия, образованная через уменьшительную форму. Однако в пользу прозвищной версии говорит то, что фамилии на -ко от полных имён обычно выглядят иначе (Иванов — Иваненко, а не Иванко), а «Измал» звучит скорее как прозвище по признаку, чем как сокращение от Измаил.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам: встречается в Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины — в Сумской, Харьковской и Полтавской областях. Это подтверждает её украинскую модель образования и связь с бытовыми прозвищами черноземной полосы. Сословно предки Измалко, скорее всего, были крестьянами или казаками — фамилии на -ко в этой среде встречались чаще, чем у дворян.

В написании фамилии есть особенность: ударение обычно падает на второй слог — Изма́лко, хотя в некоторых говорах могут произносить Измалко́. Вариант с одним «л» закрепился в документах, хотя этимологически корень «мал» пишется с одной буквой «л», и удвоение здесь не нужно.