Фамилия Качицына — женская форма, а мужская, Качицын, восходит к прозвищу или нецерковному имени Качица. Чтобы понять его значение, нужно разобрать слово по составу. Основа «кач-» в русских говорах многозначна. В северных и сибирских диалектах «кача» — это качели, зыбка (колыбель), а «качка» — утка. «Качица» в таком случае могла быть уменьшительно-ласкательным прозвищем человека, который качал детей (нянька, пестун) или, по другой версии, кого-то, кто напоминал утку — походкой, повадкой или любовью к воде. Вторая линия значений связана с глаголом «качать» в смысле «шатать, колебать»: «качица» могла означать человека неустойчивого, нетвёрдого на ногах, возможно, прихрамывающего.

Суффикс «-иц-» в данном случае типичен для прозвищ, образованных от глагольных основ, и придаёт слову оттенок уменьшительности или принадлежности к действию. Такая модель встречается реже, чем фамилии на «-ов/-ев» или «-ин», что делает Качицыных носителями не самой распространённой, но понятной по корню фамилии. Аналог — фамилия Качалов (от «качало» — качели) или Качков.

Особенность фамилии — её региональная привязка. Качицыны чаще всего встречаются на Русском Севере и в Поволжье, где диалектные слова «кача», «качица» были в ходу. В Вологодской и Архангельской губерниях «качей» называли и качели, и колыбель, поэтому прозвище могло закрепиться за плотником, делавшим зыбки, или за тем, кто качал младенцев в большой крестьянской семье. Сословная принадлежность предков — почти наверняка крестьяне или посадские люди, так как фамилия недворянская, без суффикса «-ский», и не относится к числу искусственных семинарских.

В написании «Качицына» ударение падает на второй слог: Ка-чи́-цы-на. Путаница с буквой «и» после «ч» объяснима: в старых документах могли писать «Качицынъ», а в просторечии фамилию иногда произносили как «Качи́цын» или «Ка́чицын» — это зависело от местного говора. Сейчас вариант с ударным вторым слогом считается нормативным.