Фамилия Капицына образована от прозвища Капица. В её основе, скорее всего, лежит украинское слово «капиця» — ремень, соединяющий рукоять цепа с его билом. Человек по прозвищу Капица, вероятно, занимался обмолотом зерна — работал на молотильне.

Менее убедительная версия связывает прозвище с белорусским «капец» — земляной насыпью или межевым знаком. В этом случае Капицей могли назвать землемера, того, кто размечал участки. Эта гипотеза слабее: слово «капец» в значении «межа» встречается реже, к тому же форма «Капица» ближе к украинскому источнику, чем к белорусскому «капец».

Фамилия образована по модели на -ин, которая в русской ономастике указывает на принадлежность: Капицын — сын Капицы. Ударение в фамилии падает на второй слог: Капи́цына.

Фамилия не слишком распространена, её очаги тяготеют к южнорусским и украинским территориям, что косвенно подтверждает первую версию происхождения.