Фамилия Кафлина — редкий случай, когда модель образования почти не оставляет сомнений, а вот корень — загадка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кафлин — сын или потомок человека по прозвищу Кафла. Форма Кафлина — это женский вариант или родительный падеж от мужской фамилии Кафлин, что типично для русской традиции, где окончание -а в фамилии на -ин закрепилось как неизменяемое.

Самая вероятная версия происхождения основы — отчество от крестильного имени. В православных святцах есть имя Каф, древнееврейского происхождения (в ветхозаветной традиции — одно из имён, связанных с буквой еврейского алфавита). Однако имя Каф встречалось крайне редко, в основном в монашеской среде. Прозвищная форма Кафла могла возникнуть как уменьшительное или пренебрежительное от этого имени. Менее правдоподобна связь с географическим названием — например, с рекой Кафлин в Ирландии, так как фамилия имеет славянскую словообразовательную модель, а не западную.

Вторая версия, которую поддерживают некоторые исследователи бытовых прозвищ, — от диалектного слова «кафла» или «кофла». В северных и сибирских говорах так называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. Слово звукоподражательное, от «каф» — тяжелый шаг, шлепок. В этом случае фамилия образована от прозвища, данного по характеру или походке.

Географически фамилия Кафлина встречается разрозненно, без выраженного гнезда. Единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале, что косвенно говорит в пользу второй версии: именно в этих регионах бытовало слово «кофла» в значении «неповоротливый». В дворянских родословных книгах фамилия не значится — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписях XIX века по прозвищу главы семьи.