Фамилия Кафтонов — одна из тех, где прозрачная на вид основа таит неожиданный поворот. На первый взгляд кажется, что корень «кафт» — это искажённое «кафтан», верхняя одежда. Но если бы фамилия произошла от слова «кафтан», мы бы скорее ожидали форму Кафтанов. Узкий суффикс -он- в основе Кафтон — редкий и очень характерный признак, который указывает на другую природу.

Скорее всего, в основе фамилии лежит не предмет одежды, а имя или прозвище. В русских говорах и в документах XVI–XVII веков встречается прозвище Кафтан (или Кафтоня), которое могло означать либо любителя щеголять в кафтане, либо, по ироничной народной логике, наоборот, неряху, чья одежда висела мешком. Суффикс -он- (Кафтон) — это типичный для северо-западных и некоторых центральных областей России вариант образования прозвищ: ср. Пахом — Пахтон, Иван — Ивон. То есть Кафтон — это человек по прозвищу Кафтан, но в местной, диалектной огласовке. А уже от него через стандартный патронимический суффикс -ов появилась фамилия Кафтонов: буквально «сын Кафтона».

Есть и более редкая, но вполне реальная версия: фамилия могла возникнуть из крестильного имени. В святцах есть имя Кафтон (греческого происхождения, от слова «кафтос» — «смелый» или «искренний»). Это имя встречается в месяцесловах, хоть и не часто. В таком случае Кафтонов — это «сын Кафтона», то есть прямой отчества от полного церковного имени, что для русских фамилий редкость — обычно брали уменьшительные формы. Если эта версия верна, то фамилия — один из немногих примеров, когда полное каноническое имя сохранилось в роду без сокращения.

Географически фамилия Кафтонов встречается редко, но сгустки видны в Поволжье и на юге России. Это косвенно подтверждает, что основа могла быть не столько книжной (церковной), сколько живой, прозвищной, — такие фамилии часто «оседали» в казачьих и крестьянских областях. В дворянских родословных книгах Кафтоновы не значатся, что указывает на происхождение из податных сословий: крестьян, мещан, однодворцев.

Таким образом, носитель фамилии Кафтонов может быть потомком либо человека по прозвищу Кафтон (одежда или характер), либо — что гораздо интереснее — человека, носившего редкое церковное имя Кафтон. В любом случае, это фамилия с нестандартной словообразовательной моделью, которая выдает в ней не столичную, а глубинную, народную основу.