Фамилия Кафтункин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество от имени, а на принадлежность к ремеслу. Основа здесь — слово «кафтан», но не напрямую. В русских говорах бытовало слово «кафтун» — так называли мастера, который шил кафтаны, или, реже, человека, носившего богатый, долгополый кафтан как отличительный признак. То есть Кафтункин — буквально «сын кафтуна», то есть сын портного, специализировавшегося на верхней одежде.

Словообразовательная цепочка короткая: кафтан → кафтун (прозвище мастера) → Кафтункин. Суффикс -ин в этой модели работает как притяжательный: «чей?» — Кафтункин, то есть из рода Кафтуна. Важно, что суффикс -ун в основе (кафт-ун) — типичный для русских прозвищ по действию или предмету: бегун, говорун, а здесь — мастер кафтанов. Такая модель встречается реже, чем обычные отчества на -ов, и часто сохраняет прямую связь с занятием предка.

По географии фамилия редкая, её очаги — не центральные губернии, а скорее южные и поволжские регионы, где портновское дело было особенно развито и где слово «кафтун» фиксировалось в диалектах. Встречается также вариант Кафтанкин, но он возник уже позже, под влиянием литературного произношения, когда выпал беглый гласный. Кафтункин — архаичная, более точная форма, сохранившая старую огласовку прозвища.

Сословно предки Кафтункиных, скорее всего, были ремесленниками-посадскими или крестьянами, уходившими в город на заработки. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — модель на -ин без суффикса -ский почти всегда указывает на непривилегированное происхождение. Фамилия не имеет отношения к тюркским корням, несмотря на внешнее сходство: «кафтан» — слово тюркское, но прозвище образовано уже на русской почве от освоенного названия одежды.