Фамилия Кафтункина хранит память о прозвище предка — Кафтунка. Чтобы понять его значение, нужно заглянуть в украинские и сибирские говоры. Самая вероятная основа — украинское слово «ковтун», которое в некоторых диалектах звучало как «кафтун» и означало «колтун» (спутанные, сбитые в ком волосы). Однако вряд ли прозвище дали больному человеку. Скорее, это «охранительное» имя: родители нарекали ребёнка Кафтункой в надежде, что он вырастет здоровым и красивым, — считалось, что такое имя отпугнёт настоящую болезнь.

Но есть и другая версия, не менее интересная. В сибирских говорах слово «ковтун» означало «пельмени». Тогда прозвище Кафтунка могло указывать на род занятий: основатель рода был поваром, искусно лепившим пельмени, или просто большим любителем этого блюда. Так что перед нами или прозвище-оберег, или «профессиональное» именование — обе версии имеют под собой реальную языковую почву.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Кафтункин — «сын Кафтунки». Эта модель очень распространена в северных и центральных областях России, но в данном случае важна и сибирская привязка. В Книге памяти Кемеровской области сохранилась запись о рабочем рудника Темир-Тау Кафтункине Иване Григорьевиче, родившемся в 1898 году. Эта архивная деталь связывает фамилию с конкретным местом и временем — Сибирью конца XIX — начала XX века.