Фамилия Кагукин — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается непростая история. Вопреки первому впечатлению, её корни ведут не в центральную Россию, а на запад и северо-восток: в украинские и белорусские земли, а также в Прикамье.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кагукин — потомок человека по прозвищу Кагука. А вот с происхождением самого прозвища есть две основные версии, и они ведут в разные стороны.

Первая, наиболее вероятная для юго-западных регионов, связывает Кагуку с украино-белорусским произношением слова «коген» (коэн). В иудаизме коген — прямой потомок первосвященника Аарона, брата Моисея. Когены выполняли храмовые ритуальные функции, а в современной синагогальной практике их первыми вызывают к чтению Торы, они произносят благословение, накрыв голову талесом. Прозвище Кагука могло закрепиться за человеком, чья семья вела своё происхождение от этого священнического рода, или просто за тем, кто нёс службу при синагоге.

Вторая версия уводит на северо-восток европейской части России. В коми-пермяцком языке есть слово «кагук» — «дитя, малютка, дитятко». В этом случае прозвище Кагука было чисто семейным, бытовым: так могли назвать самого младшего ребёнка или, наоборот, долгожданного первенца. Со временем домашнее ласковое обращение закрепилось как официальное имя и дало фамилию.

Документы начала XX века подтверждают, что фамилия бытовала именно в тех краях, где сходятся обе версии. Известны: Кагукин Ефим Тимофеевич (1879 г. р., деревня Козлы Сиротинского района Витебской области), Кагукин Назар Федорович (1899 г. р., деревня Гора Полоцкого района той же области), а также Кагукин Тимофей Константинович (1885 г. р., Новоград-Волынская область Украины). Как видим, география — западные губернии Российской империи с пёстрым этническим и конфессиональным составом, где иудейские, славянские и финно-угорские традиции могли переплетаться. Какая из двух версий верна для конкретной семьи — сегодня без глубокого генеалогического исследования сказать трудно, но обе имеют под собой реальную языковую и историческую почву.