Фамилия Кагукины ставит перед исследователем непростую задачу: у нее как минимум две версии происхождения, и обе имеют право на существование. Первая связывает фамилию с еврейским священническим родом когенов (коэнов). Согласно этой гипотезе, исходное прозвище Кагука — это украино-белорусская народная переработка слова «коген». В иудаизме когены — прямые потомки Аарона, брата Моисея; они выполняли функции первосвященников, приносили жертвы и до сих пор играют особую роль в синагогальной практике (благословение народа, выкуп первенца, право первым читать Тору). Если эта версия верна, то фамилия Кагукины — один из примеров того, как сакральное звание превратилось в бытовое прозвище, а затем в фамилию.

Вторая версия отсылает к коми-пермяцкому языку, где слово «кагук» означает «дитя», «малютка». В этом случае прозвище Кагука могли дать младшему или, наоборот, долгожданному ребенку в семье. Такая модель образования фамилий от ласковых прозвищ характерна для русской и украинской традиции, и здесь она конкурирует с первой, «когенской» гипотезой.

С точки зрения словообразования, фамилия Кагукин — типичная «патронимическая» модель на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Кагукин», то есть сын или потомок Кагуки. В документах начала XX века фамилия фиксируется в двух основных регионах: Витебская область (деревни Козлы и Гора) и Украина (Новоград-Волынская область). Такая география — на стыке белорусских, украинских и, возможно, еврейских земель — как раз объясняет, почему в основе фамилии могли смешаться разные языковые и культурные влияния. Выбрать одну версию как единственно верную сложно: обе лингвистически правдоподобны, и только дополнительные генеалогические изыскания (например, знание вероисповедания предков) могут прояснить, какой из двух путей — коми-пермяцкий или еврейский — привел к появлению этой фамилии.