Фамилия Каинбегов — редкий пример тюркско-русского гибрида, где мусульманское имя соединилось с русским патронимическим суффиксом. Её основа — тюркское имя Каинбек (варианты: Кайынбек, Каинбай). Первая часть, «каин» (или «кайын»), с тюркских языков переводится как «родственник по браку», «свояк» или «берёза» — в зависимости от диалекта. Вторая часть, «бек» (бег), означает «господин», «князь», «начальник». Таким образом, имя Каинбек могло значить «родственник (свояк) знатного человека» или «берёзовый князь» (по тотемическому значению берёзы у некоторых тюркских народов).

Суффикс -ов в фамилии — типичный русский способ оформления фамилий для выходцев из нерусской среды, особенно в XIX веке. Он указывает на принадлежность: «сын Каинбека» или «из рода Каинбека». Фамилия могла возникнуть у башкир, татар, казахов или народов Кавказа (кумыков, балкарцев) после принятия ими русского подданства и фиксации фамилий по русскому образцу.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где тюркские имена с компонентом «бек» были распространены: Поволжье, Урал, Северный Кавказ. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении от одного или нескольких родов. В дореволюционных метриках и ревизских сказках Каинбеговы могли числиться среди государственных или ясачных крестьян, реже — среди мелких служилых людей.

Интересно, что фамилия сохранила архаичное написание через «е» (Каинбегов, а не Каинбеков), что типично для южнорусской и казачьей традиции произношения, где «к» перед гласным могло смягчаться или заменяться на «г». Это отличает её от более поздних и «правильных» вариантов вроде Каинбеков, которые могли появиться при советской паспортизации.