Фамилия Каинбекова (и её мужская форма Каинбеков) образована от личного имени Каинбек. Скорее всего, это не самостоятельное имя, а производный, диалектный вариант тюркского имени Каимбек. В основе имени Каимбек лежит арабский корень «каим» — «существующий, живущий». Вторая часть — «бек» — классический тюркский титул, означающий «князь, господин, повелитель». Соединившись, эти две части давали имя-пожелание: родители надеялись, что сын проживёт долгую жизнь и займёт достойное, высокое положение.

Переход «м» в «н» (Каимбек → Каинбек) — распространённое фонетическое явление в тюркских языках, особенно в разговорной речи и при заимствовании между диалектами. Такой сдвиг мог закрепиться в конкретном роду или местности, и в итоге фамилия пошла именно от этой, народной, формы.

Фамилия строится по стандартной русской модели: к имени Каинбек добавляется суффикс -ов (в женском роде — -а). Это типичный способ оформления тюркских имён в русской среде: «чей?» — «Каинбеков», то есть потомок человека по имени Каинбек.

В отличие от многих фамилий, которые могут быть связаны с профессией или прозвищем, Каинбекова (Каинбеков) — чисто патронимическая. Она не говорит о занятии предка, а прямо указывает на его личное имя, которое, в свою очередь, несло в себе пожелание благополучной и долгой жизни.