Фамилия Какотин — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первой буквы. Основа здесь неочевидна, а суффикс подсказывает, что перед нами типичная «патронимическая» модель на -ин, то есть фамилия образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я: Какота.

Что могло значить это исходное слово? Самый прямой путь ведёт к диалектному глаголу «какотать» или «какотить». В русских говорах, особенно северных и сибирских, это означало «стучать, колотить, греметь». Прозвище Какота могли дать человеку шумному, суетливому, тому, кто постоянно что-то ронял или громко хлопал дверями. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с «какать» — в старых говорах так называли грязь или нечистоты. В этом случае прозвище носило бы уничижительный, бытовой оттенок, как и многие «неблагозвучные» фамилии крестьян (Грязнов, Сопляков), которые не считались оскорбительными в среде, где ценность имел труд, а не изящество.

Словообразовательная модель у фамилии классическая для центральной России и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Како́ты. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, возникла в среде, где прозвище было главным идентификатором человека до введения обязательных фамилий в XIX веке.

География фамилии Какотин сегодня довольно размыта, но статистические данные показывают, что наибольшая плотность носителей сохраняется в Костромской и Вологодской областях, а также в Пермском крае. Это косвенно подтверждает северное происхождение корня «какотать» — именно в этих регионах глагол был в ходу.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от имён на твёрдый согласный (Иван — Иванов), суффикс -ин сохранил более архаичную форму. Какотин — не просто «сын Какота», а буквально «Какотин сын», что делает фамилию своеобразным лингвистическим снимком речи XVI–XVII веков.