Фамилия Калакутина происходит от мужского имени Калакут. Две его части, «кала» и «кут», имеют тюркские корни, а само имя переводится как «крепость разрушающий». Родители, называя так сына, вкладывали в это пожелание силы и воинской доблести — чтобы он стал смелым воином, способным сокрушить любую преграду.

Хотя сегодня имя Калакут чаще встречается на Кавказе, в прошлом оно бытовало и у других тюркских народов. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Калакутин — сын Калакута. Такая словообразовательная схема типична для фамилий, возникших из прозвищ или нецерковных имён, и говорит о том, что родоначальник Калакутиных носил это имя как личное.

Процесс формирования фамилий у разных сословий шёл неравномерно, поэтому точно установить место и время появления рода Калакутиных можно только в ходе углублённых генеалогических изысканий.