Фамилия Колакутин — редкая и с точки зрения устройства, и с точки зрения происхождения. Её основа — не имя и не профессия, а прозвище, которое, скорее всего, звучало как Колакута или Колокут. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Колакутин, то есть сын или потомок Колакуты.

Ключ к разгадке — в слове «колакута», которое в русских говорах имеет вполне конкретное значение. В словарях народных говоров зафиксировано слово «колакута» (или «калакута») — это суматоха, переполох, бестолковщина, а также человек, который эту суматоху создаёт. Прозвищем Колакута могли наградить непоседливого, суетливого человека, который вечно «колготится» и вносит беспорядок. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским корнем «кут» (счастье, благодать) и «кол» (рука, раб), но такое толкование не объясняет характерный суффикс -ут, типичный для русских прозвищ с экспрессивной окраской.

Вероятный ареал фамилии — южнорусские или западнорусские области, где слово «колакута» было в ходу. Встречаются и варианты написания: Калакутин, Колакутов. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища такого типа редко давали дворянам. Фамилия не попала в списки дворянских родов, что косвенно подтверждает её народное, «уличное» происхождение.

Известных носителей с такой фамилией в истории немного, что делает её ценной для локальной генеалогии: каждый документ с этой фамилией — почти наверняка звено одной и той же семейной цепи.