Фамилия Калкутина — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими, в первую очередь казахскими, корнями. В основе фамилии лежит мужское личное имя Калкут. Это имя составное: первая часть «кал» переводится как «родинка» или «родимое пятно», а вторая — «кут» — означает «счастье», «благодать», «душевная сила». Получается, что имя Калкут можно истолковать как «счастливая родинка» или «благодать, отмеченная родинкой».

Скорее всего, имя давали ребёнку, у которого была заметная родинка. У многих тюркских народов родинка считалась особым знаком: родители верили, что она приносит удачу и оберегает от бед. Вкладывая в имя пожелание счастливой судьбы, они называли сына Калкутом в надежде, что удача и благополучие будут сопутствовать ему всю жизнь.

Фамилия Калкутина образовалась по русской модели: к основе Калкут добавили суффикс -ин. В русской традиции этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Калкутин», то есть сын, потомок Калкута. Такая модель типична для фамилий, произошедших от имён, оканчивающихся на -а или согласный звук.

Поскольку имя Калкут в русских святцах отсутствует, фамилия однозначно нецерковного происхождения. Её носители — потомки людей, получивших имя по народной, а не по христианской традиции. Встречается фамилия в основном в регионах со смешанным русско-казахским населением: в Оренбургской, Астраханской областях, а также в Казахстане.

Слово «кут» в тюркских языках богато смыслами: это не просто «счастье», а скорее жизненная сила, благодать, ниспосланная свыше. Поэтому имя Калкут могло нести и сакральный оттенок — ребёнок с родинкой воспринимался как отмеченный этой силой. Со временем имя ушло из бытового употребления, но фамилия Калкутина сохранила память и о старом имени, и о вере предков в счастливые знаки.