Фамилия Какутина — женская форма, а мужская, Какутин, образована по простой и распространённой модели: к основе прозвища или мирского имени прибавили суффикс -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Какуты». Всё упирается в то, что такое «Какута».

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «какута» или «кокута». В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли наседку, курицу, которая высиживает цыплят. Прозвище Какута мог получить человек, который возился с птицей, торговал яйцами или просто имел привычку квохтать, суетиться, как наседка. Возможно, так дразнили того, кто был чрезмерно заботлив или хлопотлив. В пользу этой версии говорит и то, что в основе многих русских фамилий лежат названия домашних животных и птиц: Гусев, Петухов, Курицын — Какутин встаёт в этот ряд.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — происхождение от имени Какута, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени, например, от Акакий или Никита. В народе сложные церковные имена часто сокращали до односложных или двусложных прозвищ: Никита мог стать Китой, а Акакий — Какой или Какутой. Однако следов такого сокращения в исторических документах почти не осталось, поэтому версия с «курицей» выглядит основательнее.

Фамилия редкая, распространение её узкое. Встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине. По сословной принадлежности предки Какутиных, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии на -ин в этой среде самые характерные. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже подтверждает её «народное», прозвищное происхождение.