Фамилия Калиненко — характерный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко, который в буквальном смысле означает «сын» или «потомок». В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Калина, и здесь есть две основные версии происхождения, обе исторически обоснованные.

Первая и наиболее распространённая версия связывает имя Калина с крестильным мужским именем Каллиник (от греческих kallos — «добрый, прекрасный» и nike — «победа»). В народной бытовой речи длинное церковное имя сокращали и адаптировали, так Каллиник превратился в привычное Калина. Соответственно, Калиненко — это «сын Калины», то есть потомок человека, носившего имя Добрый Победитель.

Вторая версия, не менее правдоподобная, отталкивается от мирского, дохристианского имени Калина. В славянской традиции родители могли назвать ребёнка в честь растения — калины. Считалось, что таким образом природа принимает младенца как своего и передаёт ему свои качества: стойкость, красоту, способность приносить плоды. В этом случае фамилия Калиненко буквально читается как «сын Калины», но уже не от церковного, а от языческого имени-оберега.

Обе версии не противоречат друг другу: имя Калина могло одновременно существовать и как народная форма Каллиника, и как самостоятельное прозвище. В любом случае, фамилия Калиненко — типичная для центральных и восточных регионов Украины, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий у казаков и крестьян. Сравните с однокоренными фамилиями: Калин, Калинов, Калинин — у них другая география и модель (русские, с суффиксами принадлежности).

Таким образом, предок носителя фамилии Калиненко мог быть либо человеком с редким греческим именем, либо его прозвали Калиной за характер или внешность — в любом случае, фамилия прямо указывает на отчество, а значит, на родство по мужской линии.