Фамилия Калиниченко образована по самой распространённой в украинской ономастике модели: суффикс «-енко» в буквальном смысле означал «сын» или «потомок». Поэтому Калиниченко — это «сын Каллиника». В основе лежит крестильное имя Каллиник (в народном произношении — Калиник), которое пришло из греческого языка и означает «добрый победитель». Церковь чтила нескольких святых с этим именем, что обеспечило ему популярность в среде православных славян.

В русской традиции фамилия звучала бы как Калиников или Калиничев, но украинский суффикс «-енко» закрепил её именно в такой форме. Интересно, что в украинских фамилиях ударение почти всегда падает на предпоследний слог: Калиниче́нко.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию не с именем, а с названием растения калина. В таком случае Калиниченко могло быть прозвищем человека, жившего в калиновой роще или занимавшегося её выращиванием. Однако эта гипотеза слабее: суффикс «-енко» почти всегда присоединялся к личным именам, а не к нарицательным словам.

Географически фамилия Калиниченко наиболее плотно представлена в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в соседних регионах России. Носителей фамилии можно встретить и в Беларуси, но там она заметно реже.

Словообразовательная модель показывает, что предки современных Калиниченко были людьми свободного сословия — казаками, мещанами или крестьянами. В среде украинской шляхты фамилии на «-енко» встречались редко, так как знатные роды предпочитали суффиксы «-ский» или «-ович». Таким образом, фамилия Калиниченко — это типичный пример того, как простое имя отца через поколение стало родовым знаком целой семьи.