Фамилия Калиничева женского рода, но её основа та же, что и у мужской формы Калиничев. В русской традиции такие фамилии образовывались от мужского имени или прозвища с помощью суффикса -ев, указывающего на принадлежность: «чей?» — Калиничев, то есть сын или потомок Калинича. А Калинич — это, в свою очередь, форма от имени Калина или Каллиник.

Здесь и начинается развилка. Первый и самый очевидный путь — через имя Каллиник (греч. Kallinikos, «добрая победа»). Это каноническое христианское имя, которое в народной речи часто сокращали и переделывали: Каллиник превращался в Калину, Калинку, отсюда и отчество Калинич, а затем фамилия Калиничев. Связь с церковным именем — наиболее частый случай для фамилий на -ичев, -ищев.

Вторая версия — от прозвища Калина. Так могли назвать человека по нескольким причинам. Например, за цвет лица (румяный, красный, как ягода калина) или за характер (иногда «калиной» в говорах называли сварливого, неуживчивого человека). Есть и бытовая версия: прозвище могли дать тому, кто промышлял сбором калины — ягоды ценной, лекарственной. Плоды калины действительно богаты пектинами, дубильными веществами, витаминами, их использовали при болезнях сердца, горла, при гипертонии. Так что человек, торговавший калиной или знавший толк в траволечении, вполне мог получить прозвище Калина, которое затем закрепилось за его детьми.

Какую из версий считать основной? Для фамилии Калиничев — первую, от имени Каллиник. Суффикс -ич (и производный -ичев) в русских фамилиях почти всегда указывает на отчество от полной или уменьшительной формы крестильного имени. Прозвищная версия тоже возможна, но чаще она даёт фамилии без суффикса -ич: Калинин, Калинкин. Калиничев же — форма более архаичная, патронимическая, что и склоняет к версии о происхождении от имени Каллиник.