Фамилия Калиничев образована от имени или прозвища, которое в бытовой русской традиции звучало как Каля. В основе этого имени лежит каноническое крестильное имя Каллиник (от греческого «каллос никэ» — «прекрасная победа»). Покровителем имени считается святой мученик Каллиник, проповедовавший христианство среди язычников и казнённый за веру. В народном произношении имя Каллиник часто сокращалось до Каля — так появилось мирское имя, от которого и пошла фамилия.

Суффикс «-ичев» указывает на отчество: Калиничев буквально означает «сын Калинича», то есть «внук (или потомок) Калины». Здесь важно не путать: Калина — это не только кустарник с ягодами, но и уменьшительная форма от имени Каллиник. Фамилия относится к патронимическому типу, характерному для центральных и северных регионов России: такие фамилии на «-ичев» чаще встречались в крестьянской среде, где отчества передавались по цепочке через поколение.

Иногда фамилию Калиничев ошибочно связывают с растением калина, но это вторичное сближение. Основной корень — всё же церковное имя Каллиник, адаптированное в быту. Потомок человека по имени Каля (или Калина) со временем получил фамилию Калиничев. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и центральных областях России, хотя отдельные носители есть и в других регионах.

В отличие от более распространённой фамилии Калинин, форма Калиничев — редкая и более архаичная. Она сохранила суффикс «-ичев», который в русской ономастике часто указывает на более ранний этап формирования фамилий (XVI–XVII века), когда отчества ещё не застыли в современной форме. Таким образом, Калиничев — не «калиновый», а «каллиниковский», и его история уходит в ту эпоху, когда церковные имена перекраивались на русский лад и давали начало десяткам фамильных ветвей.