Фамилия Калин в большинстве случаев восходит к крестильному имени Каллиник. Это имя образовано от двух греческих слов: kallos («красота») и nike («победа»), так что его смысл можно передать как «прекрасный победитель». Покровителем имени считается святой мученик Калинник, который проповедовал христианство среди язычников и был казнен за веру. От полной церковной формы Каллиник в быту часто отсекали суффикс, оставляя краткую основу — Калин. Так фамилия и закрепилась в виде чистой основы, без типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин, -ев), что встречается реже и указывает на возможное украинское или белорусское происхождение носителей.

Есть и другая, менее распространенная версия, которая связывает фамилию с прозвищем Кала. В этом случае корень выводят из арабского слова «кала», означающего «крепость». Прозвище могли дать человеку, жившему рядом с крепостным укреплением, либо — в переносном смысле — крепкому, здоровому мужчине, «несокрушимому», как стена. Эта гипотеза выглядит более спорной, так как арабские заимствования в русском именослове встречаются редко и обычно связаны с тюркским посредничеством, но полностью исключать её для отдельных регионов (например, южных или восточных) нельзя.

Интересно, что фамилия Калин может пересекаться и с названием растения — калина, но это совпадение, а не прямой источник: народная этимология часто путает омонимичные корни, но лингвисты связывают фамилию именно с именем Каллиник. Таким образом, в большинстве случаев предки современных Калиных — люди, носившие когда-то имя Калинник или его краткую форму, и фамилия просто закрепила это имя без дополнительных суффиксов.