Фамилия Калиний — это редкий случай, когда в основе лежит не имя, а церковное прозвище. Она образована от канонического мужского имени Калинник (греч. Kallinikos — «прекрасная победа», от kalos — «прекрасный» и nike — «победа»). В русской православной традиции имя известно в честь святых Калинников, но в народном произношении оно часто редуцировалось: утрата второго «н» и конечного «к» дала форму Калиний. Так в документах могли записать человека, которого в обиходе звали Калиной или Калинкой.

Суффикс -ий в данном случае не типичен для русских фамилий — он скорее характерен для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -ий (как Гаркавий, Задорожний) обозначали качество или происхождение. Однако для фамилии Калиний это, скорее всего, усечённая форма отчества: Калиний значит «сын Калиния» или «из рода Калининых». Полная форма — Калинин — встречается в сотни раз чаще, а Калиний могла закрепиться как местный вариант в западных губерниях Российской империи, где украинское влияние смешивалось с русским.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и без связи с именем: в некоторых говорах «калиний» — прилагательное от «калина» (кустарник с красными ягодами). Прозвище Калина давали человеку с румяным лицом или сварливым характером (калина — символ горькой доли). Но версия с усечением имени надёжнее: в церковных метриках XVIII–XIX веков встречаются записи «Калиний Иванов», где Калиний — не фамилия, а второе имя, данное в честь святого.

География фамилии узкая: Калиний почти не встречается за пределами Украины и юга России (Курская, Белгородская области). Это указывает на локальное происхождение — возможно, от одного предка, которого в ревизских сказках записали по отчеству без типичного русского суффикса -ов. В современном списке носителей фамилия остаётся редкой, и её обладатели, скорее всего, потомки крестьян или однодворцев, чьи предки носили имя Калинник.