Фамилия Калициненко принадлежит к распространённому на востоке Украины типу фамилий на -енко. Эта модель, означавшая «сын» или «потомок» (как польское -ович или русское -ов), стала доминирующей в Поднепровье и Слобожанщине в XVI–XVII веках. Позже, с миграциями крестьян, фамилии на -енко разошлись по югу России и Кубани.

Основа фамилии — Калицин — вызывает два объяснения. Первое и самое вероятное: это притяжательное прилагательное от прозвища Калица. В южнорусских говорах «калица» — это грязь, слякоть, жидкая грязь на дороге. Прозвище Калица могли дать человеку, который постоянно ходил в грязи, работал в сырости (например, бондарь или гончар), либо, в переносном смысле, неряхе. В таком случае Калициненко — «сын Калицы». Менее убедительна версия, связывающая фамилию с именем Калиник (от греческого καλός νίκη — «прекрасная победа»). Форма «Калица» могла быть уменьшительной от Калиник, но это редкий вариант: обычно от Калиника образовывали Калиниченко.

Суффикс -ин в основе Калицин не случаен. Он указывает на принадлежность: «Калицин сын» — то есть сын того, кого звали Калица. Фамилии с двойным суффиксом (Калиц-ин-енко) характерны для Полтавщины и Черниговщины. Они показывают, что прозвище закрепилось за родом ещё до того, как фамилия окончательно оформилась. Носитель фамилии Калициненко, скорее всего, происходил из семьи, где деда или отца прозвали за особенность характера или быта.

По сословной принадлежности такие фамилии встречались и среди казаков, и среди крестьян. В реестрах Войска Запорожского XVII века много фамилий на -енко, и Калициненко могла бы там стоять рядом с Калинченко или Калиниченко. Разница в написании (с «ц» вместо «н») как раз и отсекает фамилию от церковного имени, подчёркивая её бытовое, прозвищное происхождение.

Встречаемость фамилии сегодня невелика, что типично для редких прозвищных основ. Основной ареал — Черкасская, Полтавская и Кировоградская области Украины, а также Краснодарский край в России, куда фамилия попала с переселенцами в конце XVIII — начале XIX века.