Фамилия Кальниковы (в мужском варианте — Кальников) образована от личного прозвища Кальник. Перед нами одна из тех фамилий, где за короткой основой скрывается сразу несколько возможных значений, и ономасты до сих пор спорят, какое из них первично.

Самая распространённая версия связывает прозвище с украинским словом «кальник» — «лепёшка». В этом случае Кальником могли прозвать любителя мучного или, по другой логике, круглолицего, полного человека, чья внешность напоминала ту самую лепёшку. Однако у слова есть и ботаническое значение: кальником в некоторых говорах называют растение из семейства колокольчиковых, которое растёт в лесах, а его корень употребляют в пищу. Прозвище мог получить и сборщик, и любитель этого корня.

Третья, не менее правдоподобная гипотеза отталкивается от славянского корня «кальн-» со значением «грязь». Украинское «кальний» означает «грязный». Если основа восходит к этому корню, то Кальником называли либо нечистоплотного человека, либо того, чья работа была «грязной»: землекопа, истопника, трубочиста. Такие прозвища по роду занятий — обычное дело в русской антропонимии.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Кальник- добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Кальника»). Со временем фамилия закрепилась за потомками. О точном месте и времени её возникновения говорить сложно — процесс формирования фамилий у разных сословий шёл с XV по XIX век, и Кальниковы могли появиться в любой из этих периодов.